Schon spüre ich in der Klinik Künzlers ordnende Hand; er selbst ist sehr munter und guter Dinge, lässt auch etwa einen frischen Appenzellerjodler erschallen, was in diesem öden und gesangsarmen Lande gut tut.
Dr. Hermann Christ, 23.12.1899
Dass es Herr Künzler die ganze Zeit ausgehalten hat, ist sehr, sehr verwunderlich. Er hat eben eine unverwüstliche Nervenkraft und ein fröhliches Gemüt, und doch scheint es auch am Ende ihm zu viel zu werden. Denn die Zahl der Seuchen, die durch diese Verschleppungen über unsere Stadt hereinbrachen, stieg ins Unermessliche. Wir müssen unser möglichstes tun, um ihn in jeder Beziehung zu unterstützen.
Karen Jeppe, Der Christliche Orient, 1919
Ihr solltet Künzler als Waisenvater und Fabrikdirektor wirken sehen, man würde eher glauben, dass er vier Arme, als dass er nur noch den linken hätte. Am liebsten würde ich einig Wochen bei Künzlers bleiben, denn mit solchen Menschen zusammen zu sein ist doch schöner als die schönste Landschaft.
Pfr. Dr. Wilhelm Vischer, 1924
Wo nahmst Du all die unerschöpfliche Liebe her für die Unglücklichen, für die Waisen und die Bettler? Wie konntest Du vor so viel körperlicher und moralischer Hässlichkeit dieses Lächeln bewahren? Was hielt Dich so aufrecht? Die Wurzeln Deines unerschütterlichen Glaubens, tief in Deinem Herzen verankert, wie das Fundament der Schweizer Berge im Herzen Europas. Unter all diesem Jammer sahen Deine Augen unseren hochgelobten Erlöser, welcher sagte: „Was ihr getan habt einem dieser meiner geringsten Brüder, das habt ihr mir getan.“
Pater Boghos Aris, am Begräbnis, 17.Januar 1947

Büste Künzlers im CAHL in Beirut
Ist Albert Schweitzer der Mann der Bildung, so Jakob Künzler der Diakon mit dem weissen Kittel, dem die Gaber der Tat gegeben war, die ihn neben die grössten Liebenden unserer Zeit stellt. Wo ist sonst so ein Jubel der Krankenpflege getan und ein ganzes Leben lang gelebt worden, so ein Lobpreis der Mühsal, die Schmutz, Eiter, Blut, Gestank, Kot, Schweiss, Tränen, Ungeduld, Undank, Geschrei und Verzweiflung dem Helfer des kranken Menschen bereiten?
Paul Schütz, 1967
Papas tiefer, fragloser Glaube brachte ihm das Glück, das von ihm ausstrahlte und alle erwärmte und erfreute, mit denen er in Kontakt kam. Er machte ihn stark im Angesicht von Gefahr und Tragik, von denen er getrost akzeptierte, dass es so Gottes Wille war.
Ida Almuddin, 1970
Mit seinem Pragmatismus und seiner Verlässlichkeit bildet Künzler das Pendant zum umtriebigen Idealisten und Publizisten Lepsius. Künzler war auch ein begabter Schreiber. Seine Stärke lag in der direkten Darstellung von selber Erlebtem, dessen Bedeutung weit über den privaten Kreis hinausging. Als kommunikativer Mensch knüpfte er Kontakt zu Leuten unterschiedlichster Gruppen. Er hatte nahe Freunde unter Kurden, Türken, Arabern, syrischen Christen und natürlich unter den Armeniern.
Hans-Lukas Kieser, 1999
Künzler und seine Frau hielten in Urfa im Süden Südostanatoliens, im Zentrum des Genozids, ihre Arbeit durch und mussten mit einer erstaunlichen Nüchternheit zusehen, wie alle ihre praktizierten Ideale von einer grausigen Geschichte des Faktischen überrollt wurden.
Dr . phil . Manfred Züfle, 1999
Er verfiel nie in eine Routine um der Routine willen, sondern war immer aufmerksam und passte seine Arbeit und seine Aufgaben der jeweiligen Situation und den jeweiligen Bedürfnissen an. Und diese änderten oft und rasch!
Felix Ziegler, 2015